Если НДС неправомерно возмещен, то пени начисляются даже тогда, когда налог зачтен в счет уплаты других налогов
ФНС России в письме от 21.02.2013 № АС-4-2/2940 рассмотрела вопрос о том, в каком порядке налоговый орган начисляет организации пени, если ей неправомерно возмещен НДС.
Налоговое ведомство указало, что при неправомерном возмещении НДС у организации возникает задолженность перед бюджетом по налогу, на которую в соответствии со ст. 75 НК РФ должны быть начислены пени. При этом пени начисляются в следующем порядке. Если НДС возвращен организации на расчетный счет, то пени начисляются со дня, следующего за датой возврата денежных средств. Если возмещаемая сумма зачтена в уплату других налогов, то пени начисляются со дня, следующего за датой принятия соответствующего решения о зачете суммы налога.