Если срок хранения счетов-фактур истек, то при восстановлении НДС можно использовать информацию из бухгалтерской справки
В п. 3 ст. 170 НК РФ перечислены случаи восстановления сумм НДС, ранее принятых к вычету. Одним из таких случаев является передача основных средств в качестве вклада в уставный капитал хозяйственных обществ. При этом налог подлежит восстановлению в сумме, пропорциональной остаточной (балансовой) стоимости имущества без учета переоценки.
Счета-фактуры, на основании которых НДС был принят к вычету, подлежат регистрации в книге продаж на сумму налога, подлежащую восстановлению (п. 16 Правил ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж, утв. постановлением Правительства РФ от 02.12.2000 № 914).
В письме от 02.08.2011 № 03-07-11/208 Минфин России разъяснил, что делать, если счета-фактуры отсутствуют из-за истечения срока их хранения. В такой ситуации, по мнению финансового ведомства, в книге продаж возможно зарегистрировать справку бухгалтера, в которой отражена сумма налога, исчисленная пропорционально остаточной (балансовой) стоимости основных средств без учета переоценки.
Аналогичные выводы Министерство делало и ранее, например, письмо от 20.05.2008 № 03-07-09/10.