НК РФ не запрещает проведение зачета по соответствующим видам излишне уплаченных налогов между бюджетами различных уровней
В п. 1 ст. 78 НК РФ закреплено, что зачет сумм излишне уплаченных федеральных налогов и сборов, региональных и местных налогов производится по соответствующим видам налогов и сборов, а также по пеням, начисленным по соответствующим налогам и сборам. В письме от 26.04.2011 №03-02-07/1-141 Минфин России сообщил о возможности проведения зачета соответствующих видов налогов между федеральным, региональным и местным бюджетами, а также межрегионального зачета (то есть зачета, проводимого инспекциями, находящимися на территории разных субъектов РФ).
Например, и НДС, и налог на прибыль организаций являются федеральными налогами (п. 5 ст. 13 НК РФ). Но налог на прибыль организаций уплачивается в два бюджета: федеральный и региональный (п. 1 ст. 284 НК РФ). Предположим, что по НДС у налогоплательщика числится недоимка, а по налогу на прибыль - переплата. По действующим правилам в счет погашения недоимки по НДС можно направить всю сумму переплаты по налогу на прибыль, включая ту ее часть, которая зачислена в региональный бюджет.
